a) Investigar el origen y flujo del agua en el Parque en condiciones no perturbadas.
a.1) Hidrología de superfície:
- Cuantificar la variación de la cantidad de agua superficial almacenada en el Parque.
- Realizar un modelo que permita efectuar el balance hidrológico considerando como principales factores: precipitación, evapotranspiración, escorrentía superficial y subterránea, humedad del suelo en la zona saturada, etc.
- Iniciar la elaboración de un modelo similar que explique los cambios químicos de agua en el espacio y el tiempo.
a.2) Hidrogeología de las duna.
- Elaboración de modelos digitales de flujo y de transferencia de solutos.
- Conocer las relaciones hidrogeológicas entre sistemas de dunas y las lagunas.
a.3) Conocer el papel hidrogeológico e hidrogeoquímico del conjunto de acuitardos de la marisma.
- Iniciar el estudo del impacto de la urbanizació Torre la Higuera, Matalascañas en las lagunas del Parque.
- Contribuir al análisis del impacto de los bombeos para regadío del Plan Almonte-Marisma en el ecotono Vera-Retuerta.
b) Realizar el estudio biogeoquímico de la mateira orgánica mediante indicadores moleculares y biológicos.
b.1) Caracterización de fracciones lipídicas, carbohidratos y proteínas, a nivel molecular en sedimentos material, disuelto y particulado en el agua buscando la correlación con sus precursores biológicos.
b.2) Abordar con los estudios citados la dinámica de las lagunas predunales mediante:
- el estudio de los procesos de biometalización.
- el uso de indicadores moleculares y biológicos (procesos bacterianos de reciclado de materia orgánica en el fondo y formación de turberas).
- estudiar, con esta información, la gran variación en la salinidad las lagunas.
b.3) Estudiar los cambios ecológicos en la Marisma (régimen hidrológico y dinámico, formaciónde lucios, etc.) mediante análisis de indicadores moleculares y biológicos, relacionando esta información con los datos de otras áreas estudiadas (Delta del Ebro, Albufera de Valencia).
- Abordar el estudio de lo microorganismos actuales desde el punto de vista de la disponibilidad de macronutrientes (fósforo, nitrógeno, potasio, calcio y magnesio) y micronutrientes (hierro, cobre, manganeso, polibdeno y cinc) de los sedimentos.
c) Determinar fuentes, orígenes, ciclos e impacto en los sistemas naturales de los contamiantes mediante el estudio de muestras de sedimentos, agua y organismos, tanto vegetales como animales.
c.1) Conocer los niveles de presencia de los hidrocarburso ensedimentos, agua y organismos de los principales sistemas del Parque.
c.2) Investigar metales pesados y elementos: Cd, Fe, Cu, Zn, Hg, As, Pb, en los mismos tipos de muestras que en el apartado anterior siguiendo los ciclos estacionales y las oscilaciones climatológicas.
c.3) Investigar la presencia y el impacto de contaminantes persistentes órgano-clorados en las mismas circunstancias que en el apartado anterior. Además e este caso, de forma especfial,se analizan los principales componentes de la pirámide trófica.