El objetivo fundamental del Proyecto es determinar la biodiversidad, la estructura y la dinámica de las poblaciones de microorganismos que intervienen en el ciclo biogeoquímico del nitrógeno (N) en las marismas del Parque Nacional de Doñana. También se tratará de determinar el efecto que las actividades agrícolas y ganaderas propias del Parque ejercen sobre la composición y densidad de las poblaciones microbianas, así como la influencia que sobre las mismas pudiera ejercer la contaminación con nitratos que aportan las aguas subterráneas y superficiales que lo irrigan. Finalmente, se tratará de cuantificar las emisiones de óxidos de nitrógeno, óxido nítrico (NO) y óxido nitroso (N2O), que se producen durante los procesos de óxido-reducción de los compuestos que intervienen en el ciclo del N.