El objetivo fundamental del Proyecto es determinar la biodiversidad, la estructura y la dinámica de las poblaciones de microorganismos desnitrificantes de las marismas del Parque Nacional de Doñana. También se tratará de determinar el efecto que las actividades agrícolas y ganaderas propias del Parque ejercen sobre la composición y densidad de las poblaciones microbianas, así como la influencia que sobre las mismas pudiera ejercer la contaminación con nitratos que aportan las aguas subterráneas y superficiales que lo irrigan. Finalmente, se tratará de cuantificar las emisiones de óxidos de nitrógeno, óxido nítrico (NO) y óxido nitroso (N2O), que se producen durante la desnitrificación.