El Proyecto trata de establecer las bases metodológicas para reconstruir la cartografía ecológica combinando las imágenes de sensores remotos, la cartografía actual, las bases de datos meteorológicos y su extensión al periodo preinstrumental, la documentación histórica y la toponimia, con los conocimientos actuales sobre la dinámica de los sistemas naturales (geomorfología, hidrología y dinámica vegetal).
La cartografía ecológica histórica se desarrollará como un Atlas virtual digital incorporando capas de geomorfología, hidrología, vegetación y usos del suelo. Para generar la capa de paisajes se hará mediante una transformación de los datos de base perceptiva que combina las características de la superficie (naturalidad frente a artificiosidad) y la altura de los elementos. Una capa adicional indicará los hitos, superficies estables, superficies de transformación, toponimia y puntos o polígonos documentados en el Banco de datos de Ecología Histórica de la zona.

Por su interés propio se ha elegido como área de estudio para desarrollar la Metodología del Proyecto el Coto del Rey y su entorno, en las Provincias de Sevilla y Huelva, un espacio geográfico de propiedad real situado al Norte del Coto Doñana con el que comparte el interés de sus ecosistemas y un singular papel histórico en la conservación.