Con este proyecto se pretende contribuir a la conservación de la zona de estudio mediante el conocimiento de su funcionamiento ecológico y la revisión de algunos criterios científicos que se aplican en las tareas de conservación. los objetivos específicos son:
1. Seguimiento y evaluación de la calidad del agua con relación a la concentración de nutrientes, carga de materia en suspensión, sedimento, plaguicidas y herbicidas.
2. Estudio de la producción primaria (fitoplancton, fitobentos, macrófitos acuáticos).
3. Estudio de la producción secundaria (zooplancton, macroinvertebrados acuáticos y peces).
4. Evaluación de la riqueza taxonómica en las comunidades de fitoplancton, fitobentos, zooplancton, macroinvertebrados acuáticos, peces y anfibios.
5. comparación con otras zonas protegidas en Doñana y su entorno.
6. Evaluación de la variabilidad ambiental del sistema con relación a gradientes espaciales (unidades ambientales) y temporales (estacionalidad, ritmos diarios y mareales).
7. Evaluación de la vulnerabilidad del sistema frente a la contaminación y a los aportes hídricos de origen diverso
8. criterios para la conservación mediante el manejo de la compuerta.