La presente propuesta de investigación pretende, alcanzar los siguientes objetivos:
- Ayudar a los gestores a analizar y entender la integridad ecológica (estructura funcionamiento y dinámica) y la resiliencia o capacidad adaptativa de los ecosistemas de la marisma con el fin de construir la línea base de conocimiento para una toma de decisiones sustentada en una información científica interdisciplinaria, válida y actual.
- Hacer más disponibles a los gestores datos, indicadores e información de calidad sobre los ecosistemas de la marisma de Doñana, para mejorar su gestión integral.
- Alertar a los gestores sobre los problemas ambientales emergentes de la marisma, y contribuir así a una mejor preparación para enfrentarse a esos problemas a través de procedimiento de alerta temprana.

En definitiva el proyecto pretende responder 5 cuestiones o preguntas críticas para la gestión.
1.- ¿Qué está ocurriendo con la estructura, funcionamiento y autoorganización de los ecosistemas de Doñana?. Esto se traduce en un diagnostico sobre el estado de la integridad ecológica y la resiliencia de la marisma.
2.- ¿Por qué está ocurriendo? Es decir cuales son los factores o impulsores indirectos y directos de cambio
3.- ¿Cuál es el impacto? Es decir, que alteraciones están generando estos impulsores directos e indirectos de cambio.
4 ¿Qué se ha hecho y se está haciendo al respecto? Es decir, la evaluación de la eficacia y eficiencia de las medidas de gestión que se han llevado a cabo en especial desde la puesta en marcha del proyecto Doñana 2005
5.-¿Qué podemos hacer en términos de políticas y respuestas? Elaborar escenarios sobre las tendencias de cambio de los ecosistemas de la marisma en base a diferentes modelos de gestión.