El objetivo general del proyecto es la realización de la Flora Ficológica Ibérica de las aguas continentales, por lo que se pretende muestrear todos los cuerpos de agua del Parque Nacional.
El objetivo prioritario para esta primera fase del proyecto es el estudio de las caráceas, por lo que se tendrá especial interés en el muestreo de ecosistemas someros de aguas poco eutrofizadas, remansos, zonas inundadas, así como otros ambientes donde se desarrollen estos organismos.