El objetivo principal del proyecto es analizar la composición y dinámica de las diferentes fracciones planctónicas (bacterioplancton, fitoplancton y zooplancton) que se encuentran en las aguas someras de las lagunas de Doñana. También se analizarán las interacciones tróficas que puedan establecerse entre estos grupos planctónicos. La hipótesis de partida es que la productividad en las lagunas y marismas de Doñana no está relacionada con la concentración de nutrientes, sino con su disponibilidad. La productividad de los productores primarios dependería esencialmente de los aprotes externos de nutrientes inorgánicos, mientras que la actividad heterotrófica está más relacionada con el reciclado interno o con las aportaciones externas de materia orgánica procedentes de la cuenca de recepción (como puede ser la descomposición de vegetación terrestre o defecación de aves).

Los objetivos específicos del estudio son:
• Establecer la relación existente entre disponibilidad de nutrientes y capacidad de producción en las masas de agua de Doñana.
• Identificar cuales son los factores ecológicos que determinan la dominancia y la actividad de los diferentes grupos microbianos.
• Analizar la respuesta de estos grupos planctónicos a los procesos de eutrofización.