El objetivo general de la propuesta de investigación es realizar el seguimiento de las comunidades planctónicas, y de la calidad de las aguas donde se desarrollan éstas, en aquellos puntos de Doñana donde se ejecutarán, o se han llevado acabo, las actuaciones 1 a 8 del Proyecto Doñana 2005.
Para evaluar con rigor las actuaciones del Proyecto Doñana 2005, así como otras posibles actuaciones futuras, es necesario conseguir un registro temporal de los principales parámetros físico-químicos del agua, y de la composición y estructura de las comunidades de nano-, fito- y zooplancton y, especialmente, de organismos indicadores en limnología. En este registro también debería prestarse una atención prioritaria al fitoplancton tóxico, incluyendo el estudio detallado de la variabilidad genética y de la estructura poblacional de alguna especie relevante. Este registro temporal es la base para poder caracterizar el efecto de las actuaciones del Proyecto Doñana 2005 sobre las comunidades planctónicas y la calidad del agua. Además, podría servir para el inicio de una larga serie temporal de datos sobre la calidad del agua y comunidades planctónicas que permitiría conocer ciclos y tendencias a muy largo plazo.